Po roce 1990 se Juraj Jakubisko režisérsky podílel na filmech Lepší být bohatý a zdravý než chudý a nemocný (1992), Nejasná zpráva o konci světa (1997), Post Coitum (2004), Bathory (2008) a další.
Za svou tvorbu získal řadu domácích i zahraničních ocenění. Od ledna 2003 je Juraj Jakubisko nositelem nejvyššího státního vyznamenání Pribinův kříž II. třídy za zásluhy v oblasti slovenské kinematografie. V roce 2016 získal národní filmovou cenu Slunce v síti za výjimečný přínos slovenské kinematografii. V říjnu 2016 mu udělil český prezident Miloš Zeman při příležitosti oslav 98. výročí vzniku samostatného Československa medaili za zásluhy I. stupně v oblasti umění.
U příležitosti Jakubiskových 75. narozenin vyšla v roce 2013 jeho autobiografie Živé stříbro, ve které zachytil prvních třiatřicet let svého života.
Od roku 1993 žije Juraj Jakubisko spolu s manželkou, herečkou a producentkou Deanou Horváthovou v české metropoli Praze. V roce 2012 se stal zřejmě nejstarším pacientem, kterému v Česku lékaři dali nové srdce.
