Po absolutoriu režijně debutoval filmem Kristova léta (1967). Následovaly filmy Zběhové a poutníci (1968), Ptáčci, sirotci a blázni (1969) a tragikomedie Na shledanou v pekle, přátelé (1970, dokončena 1990), které zakázaly v 70. letech minulého století a Jakubisko se mohl věnovat pouze dokumentární tvor.
Jakubiskův film Postav dům, zasaď strom (1979), který natočil po několikaleté odmlce byl mistrovským dílem. Následovala komedie Nevěra česky (1980). Vrcholem jeho tvorby 80. let 20. století je historická sága Tisíciletá včela (1983), která získala řadu ocenění, podobně jako filmová pohádka Perinbaba (1985). Předrevoluční období uzavřel filmem Sedím na větvi a je mi dobře (1989).
