V letech 1986–1992 byla manželkou tanečníka Vlastimila Harapese, po rozvodu si vzala operního tenora Štefana Margitu.
Během deváté dekády už její popularita klesala, dál ale vydávala desky jako Ave – Hana Zagorová a Štefan Margita (1994), Když nemůžu spát (1994) a Já? (1998). Jejím posledním oficiálním LP bylo Konečně společně – Hana Zagorová a Štefan Margita (2020).
V roce 2014 byla uvedena do síně slávy hudebních cen Anděl.
„Bolavá záda v důsledku prasklých obratlů mě stále velmi omezují a musím bohužel respektovat doporučení lékařů a odložit návrat na pódia. S producenty jsme se dohodli na zrušení všech koncertů, do doby, než se vám budu moct předvést ve formě, jak mě znáte,“ uvedla na svém webu.
